非法持有毒品原植物种子罪立案标准：(一)大麻种子五十千克以上、大麻幼苗五万株以上；(二)罂粟种子五十克以上、罂粟幼苗五千株以上；(三)其他毒品原植物种子、幼苗数量较大的。【法律依据】《最高人民、关于机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(三)》第非法买卖、运输、携带、持有未经灭活的罂粟等毒品原植物种子或者幼苗,涉嫌下列情形之一的,应予立案追诉：(一)罂粟种子五十克以上、罂粟幼苗五千株以上；(二)大麻种子五十千克以上、大麻幼苗五万株以上；(三)其他毒品原植物种子、幼苗数量较大的。