办理房屋租赁登记的程序是房屋租赁当事人应当在租赁合同签订后30日内，持有相关文件到直辖市、市、县级房地产管理部门办理登记备案手续。没有按时办理房屋租赁登记备案手续的，会有惩罚。
【法律依据】
《城市房屋租赁管理办法》第十三条
房屋租赁实行登记备案制度。
签订、变更、终止租赁合同的，当事人应当向房屋所在地直辖市、市、县房地产管理部门登记备案。
第十四条
房屋租赁当事人应当在租赁合同签订后30日内，持本办法第十五条规定的文件到直辖市、市、县房地产管理部门办理登记备案手续。
第三十二条
违反本办法有下列行为之一的，由直辖市、市、县房地产管理部门对责任者给予行政处罚；
（一）伪造、涂改《房屋租赁证》的，注销其证书，并可处以罚款；
（二）不按期申报、领取《房屋租赁证》的，责令限期补办手续，并可处以罚款；
（三）未征得出租人同意和未办理登记备案手续，擅自转租房屋的，其租赁行为无效，没收非法所得，并可处以罚款。